Menghapus variasi yang tidak diinginkan dari data sekuensing RNA skala besar dengan PRP

1. Bagaimana Anda menormalkan data ekspresi gen?
2. RNA mana yang harus dihapus dari sampel sebelum melakukan RNA SEQ?
3. Bagaimana Anda menormalkan rpkm?

Bagaimana Anda menormalkan data ekspresi gen?

Normalisasi dicapai dengan membagi nilai ekspresi dengan intensitas total (i.e., jumlah semua nilai ekspresi) dari array yang diberikan. Sentralisasi¹¹ mengasumsikan bahwa regulasi berperilaku baik, saya.e., Sebagian besar gen tidak diatur secara signifikan atau sekitar jumlah gen yang sama diatur dan diatur ke bawah.

RNA mana yang harus dihapus dari sampel sebelum melakukan RNA SEQ?

RNA ribosom (rRNA) adalah komponen RNA total yang paling banyak yang diisolasi dari sel dan jaringan manusia atau manusia, yang terdiri dari mayoritas (>80% hingga 90%) dari molekul dalam sampel RNA total⁷. Untuk memungkinkan deteksi transkrip/gen yang efisien, RRNA yang sangat berlimpah harus dihapus dari total RNA sebelum diurutkan.

Bagaimana Anda menormalkan rpkm?

Begini cara Anda melakukannya untuk RPKM: menghitung total yang dibaca dalam sampel dan membagi jumlah itu dengan 1.000.000 - ini adalah faktor penskalaan "per juta" kami. Bagilah pembacaan yang dihitung dengan faktor penskalaan "per juta". Ini menormalkan untuk kedalaman pengurutan, memberi Anda bacaan per juta (rpm)